Les mutuelles sont régies conformément aux dispositions de l'article de la loi du 1er avril 1898 sur les sociétés de secours mutuel et par leurs statuts. Elles seront bientôt sous l'égide du Code de la Mutualité Calédonienne en cours d'élaboration.
La Mutuelle du Commerce est adhérente à la F.N.M.F Fédération Nationale de la Mutualité Française qui représente 38 000 000 de personnes couvertes en complémentaire du régime obligatoire.
Elle est également partenaire de l'Union des Sociétés Mutualistes de Nouvelle-Calédonie avec la Mutuelle du Nickel et la Mutuelle des Fonctionnaires qui regroupe 150 000 adhérents.
